工程结束后走完验收流程，但没有验收签字文件，但甲方已付验收款，是否视为验收合格？

Answer 1

不可以，除非乙方已经提交了竣工验收报告，甲方收到验收报告，但是在法定规定的时限内没有对工程进行验收，经乙方催促还不进行验收时，才算是默认验收合格。

Answer 2

如果你是施工单位的资料员，你只要把竣工资料做好就行了。
甲方验收只是看看现场，一般到最后竣工验收时很久才让施工单位把竣工资料上交。