在建工程的权利是由土地使用权和建安工程的所有权组成的。土地使用权可以是通过划拨方式或是出让方式取得的。主要的风险有：权利主体是否明确、权属是否有纠纷、设定的土地面积是否界定清楚、土地的使用年限是否短于贷款期限等。
建筑安装工程是完成一定的报建程序后，由承包商承揽施工，并完成一定建筑安装工程量的建筑物。一方面风险是是否完成了一定的报建程序，即是否办理了规划局的“一书两证”(《选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》)和建设管理局的《建筑工程施工许可证》;另一方面风险是承包商垫资的风险。最高人民法院2002年6月27日公布的法释(2002)16号司法解释《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复>中指出“应当依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权。”因此，在建工程的抵押权人不能享受正常房屋所有权、土地使用权的抵押权人的优先受偿权，使得发放的贷款不能正常收回，增加了风险。 价值风险的产生原因有：评估原因、市场原因和权属界定原因。
由于房地产评估机构繁多，估价人员的估价水平参差不齐。当评估结果高出正常、合理的市场价值后，使得贷款的风险剧增。有时，贷款银行为了给开发商节约有关费用，信贷人员自行估算，由于缺乏专业评估知识，估算结果误差可能很大，也有可能造成贷款风险。
《房地产估价规范》规定：房地产抵押价格的评估是以估价对象在发放贷款时的正常市场价值。 有可能出现发放贷款时的评估价值与处置抵押物时的处置价格有很大差异，从而造成贷款风险。
房地产开发项目有的是联营合作开发的，特别是在一方提供土地，开发商提供开发资金这种联合开发中，提供土地方提供的可开发土地可能是划拨用地，也可能是出让用地。划拨用地的抵押价值比出让用地的抵押价值要低， 划拨用地上的在建工程(开发经济适用房除外)可能因无法办理《商品房预售许可证》，使得该项目不能正常预售，开发资金不能按期回收，同时银行贷款也有可能不能按期回收，造成贷款风险。另一方面，该类联营合作开发项目的在建工程评估价值只能按照联营合作开发合同上所载明的有关条款进行合适的分割，而不能视为开发商全部拥有，从而造成贷款风险。 在土地管理部门和房产管理部门相分离的地方，土地抵押在土地管理部门登记，在建工程(含土地)在房产管理部门登记。当开发商用单独的土地和在建工程(含土地)在不同的银行办理抵押贷款，同时由于房产管理部门和土地管理部门信息不互通，而分别办理了抵押登记，造成了同一宗土地办理了两次抵押，可能会造成贷款风险。
在建工程在办理了抵押登记后，仍然进行销售，并由另一家银行办理按揭，按揭款没有归还原该套房在建工程抵押的贷款额度，造成该套房产重复抵押，也会有贷款风险。 在建工程处置时，会影响开发商形象和开发项目的形象，同时处置行为乃非公平市场行为，使得该项目的处置价值远低于市场价值，从而造成贷款不能全额收回的风险。
在建工程抵押能很好的规避以上风险，才能很好的保证在建工程的抵押。
