各朝代管理方式不同。
首先,元朝在中央设置了一个宗教事务管理机构名为宣政院。宣政院的职责是负责管理全国的佛教事务,同时负责管理吐蕃地区的行政事务。宣政院对于西藏地区进行了行政划分,设置了三路宣慰使司都元帅。
公元1368年,明朝取代元朝,采用收缴元朝旧敕旧印,换发明朝新敕新印的形式和平过渡,继承了对西藏地方的国家主权。
明朝没有沿用元朝的职官制度,而是建立了一套别具特色的僧官封授制度。各地有代表性的政教首领人物,明朝均赐封以不同的名号,颁给他们印章和封浩,命其管理各自的地方,其职位的承袭须经皇帝批准,皆可直通名号于天子。
清朝对西藏的施政管理,在总结元明两朝治藏经验的基础上,根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整。例如:设置驻藏大臣总揽全藏;调整西藏地方的政教管理体制;赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号,并确定了金瓶掣签制度;确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央,划分了驻藏大臣直辖区。